Fakat o dönemdeki hükümetin faşizan uygulamalarının bir sonucu olarak alınan bir Bakanlar Kurulu kararı sonucu "Türk kökenli olmadığı için" Harbokulundan ihraç edildi. Buna bir tepki olarak kaydolduğu Hukuk Fakültesi'ni bitirerek yöneticilik mesleğine atıldı ve Anadolu’nun çeşitli yerlerinde Kaymakam olarak görev yaptı. 1946 seçimlerinde, Akçakoca'da Kaymakam iken bağlı bulunduğu Bolu Valiliği'nin CHP'li adaylarla işbirliği yapılması ve onların kazandırılması yolunda gönderdiği gizli bir genelge üzerine, hükümetin seçimlerde tarafsız kalması gerektiğini savunup bu gizli genelgeyi de kamuoyuna açıklayarak Kaymakamlıktan istifa etti.

Muhalefette bulunan Demokrat Parti'ye girdi ve Parti Müfettişi olarak bu partinin örgütlenmesine önemli katkılarda bulundu. Fakat parti yöneticileriyle düştüğü fikir ayrılıkları nedeniyle 1948 yılında Millet Partisi'nin kuruluşuna katıldı. Sürekli olarak Genel Yönetim Kurulu'nda bulunduğu bu partinin Genel Sekreterliğini ve Başkan Vekilliğini yaptı. 1949'da Cumhurbaşkanı İsmet İnönü ve ana muhalefet partisi lideri Celal Bayar'a “suikastta bulunacağı" ihbarıyla tutuklandı, sonra serbest bırakıldı. Ancak bu arada evine yapılan baskın ve aramalar sırasında küçük kızı Haniş bir kriz geçirmiş ve ömür boyu özürlü bırakılmıştı.

Dönemin en etkin muhalif politikacılarından biri olan Arna, bu muhalefetini basın yoluyla da sürdürmüş, çeşitli gazetelerde yazılar yazmış, "İzinsiz Marifet" dergisini ve 1954'de 226 sayı çıkabilen "Millet" gazetesini de yayınlamıştı. Bu gazetedeki yazılarından biri nedeniyle mahkum olarak sekiz ay İstanbul Sultanahmet Cezaevi'nde yatmıştı. Demokrat Parti iktidarını deviren 27 Mayıs 1960 ihtilâlinden sonra oluşturulan Kurucu Meclis'e üye olarak katılan Fuat Arna, 1961 seçimlerinde de Cumhuriyetçi Köylü Millet Partisi (CKMP)'nden İstanbul Milletvekili seçilmişti. Bu görevindeyken Ankara’da 22 Ekim 1962'de genç yaşta öldü.